Uprava je vodstveni organ EMUNI ustanove in ima med drugim naloge, da sprejema statut, letni program dela ter letno poročilo EMUNI ustanove. Njeno delo poteka na sejah, sklepe pa sprejema z glasovanjem.
Upravo EMUNI ustanove sestavljajo:
predstavnika ustanovitelja,
predstavnik Evro-sredozemske univerze,
predstavnik lokalne skupnosti, kjer ima Evro-sredozemska univerza sedež,
trije predstavniki civilne družbe, ki delujejo na področju sodelovanja med Državami EUROMEDA,
predstavniki večjih donatorjev,
predstavniki držav, ki darujejo večje donacije.
Število članov uprave je vsako leto posebej vezano na število donatorjev.
Člani uprave so v trenutnem obdobju:
mag. Alenka Suhadolnik, predsednica
Gregor Veselko
mag. Simona Drenik
Matjaž Kovačič
Brane Lesjak
Nataša Likar
Nada Trunk Širca
Janez Škrabec
Andrej Vrčon
ČASTNI ODBOR
Pomembno vlogo pri zagotavljanju uspešnega doseganja naših ciljev imata poleg finančne podpore tudi vzpodbuda in priznavanje s strani prominentnih posameznikov.
EMUNI ustanova ima tako tudi častni odbor - posvetovalni organ uprave, ki ga imenuje uprava.
Namen častnega odbora je, da podaja priporočila, nasvete in mnenja glede delovanja EMUNI ustanove.
Njegovi člani so ugledni predstavniki mednarodne skupnosti, ki si prizadevajo za pospeševanje in nadaljnji razvoj evro-sredozemskega partnerstva in spodbujanje medkulturnega dialoga.
V čast nam je, da imajo članstvo v častnem odboru EMUNI ustanove:
Tayyip Recep Erdogan, predsednik vlade Turčije,
Amr Moussa, generalni sekretar Arabske lige,
Hans Gert Pöttering, bivši predsednik Evropskega parlamenta.
